新风系统需要全天24小时运行以保证良好的净化过滤效果。由于其长期处于运转状态，吸收空气中灰尘微粒较多，在长时间的送回风的情况下，即使有滤网的存在，时间长了也会积满灰尘和污垢，以致影响新风系统的正常运行，同时也会影响热交换的效果，严重的会降低新风机的使用寿命，定期做好新风系统的清洗维护很有必要。
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1、管道的清洗
无管道新风系统可以忽略，管道式新风在使用过程中，始终保持在通风状态的话，管道内很少会聚集灰尘。但是如果新风系统一直在排放油烟也要注意管道的清洗，可以找清洗人员来清洗管道的油烟。
2、滤网等部件的清洗
新风系统的滤网需要定期清洁或更换的，避免累积灰尘造成二次污染。清洁初效过滤网时，将其从机箱中抽出，拆下的初效过滤网可轻轻用手弹，或用吸尘器吸走污垢和灰尘。新风系统全热交换器清洁时，从机箱中抽出全热交换器，用吸尘器清洁或者自来水冲洗(冲洗后需晾晒至干燥)。
3、进排风口的清洗
排风口是室内污浊空气排出的通道，新风机长时间开启使用后，排风口容易吸附大量的灰尘，一旦造成堵塞室内空气排放不畅，部分污浊空气残留在室内，影响室内人的身体健康。这时候我们要使用清洁剂清洁风口。
4、控制面板及管道气密性
新风系统的控制面板是比较精.密的电器部件，长期使用会吸附灰尘，聚集潮气，容易导致控制面板失灵或元件损坏。而新风系统的管道因新风机震动等原因，使用久了连接处容易开裂，出现漏风现象。出现这种情况也需由人员进行检查，及时修补，改善新风运行效果。