疫情过后对中央空调进行消杀清洗，一般是对中央空调系列的空调水系统、冷却水系统、通风管道系统等多个方面进行清洁。
1、空调水系统的清洗
因为中央空调水管内表面附着的主要是Ca2+、Mg2+、Fe2+等化合物即水垢，属中性。采用8‰~10‰的中性除垢剂、缓蚀剂、镀膜水溶液清洗三遍。第一遍连续循环12小时，第二遍连续循环6小时，第三遍连续循环1小时，并及时检测水质及水管表面情况。一般情况下清洗三遍都能清洗干净，对于长期没有清洗的空调水管在清洗第三遍时应适当延长清洗时间。
2、冷却水系统的清洗
因为大部分中央空调的冷却水系统是开式循环系统，冷却水与空气长期接触，空气中CO2、SO2、NO2、O2等气体便会溶解于冷却水中并呈现酸性及强氧化性（如冷却水泵的叶轮出现气蚀现象），久而久之，冷却水管、填料表面、集水盘形成一种含有嗜肺军团菌、b-溶血性链球菌、藻类、O2+的等致病微生物附着物，严重的腐蚀水管、污染环境（冷却塔附近下酸雨）。因此清洗中央空调时采用弱酸性清洗剂，采用5‰的弱酸性除垢剂、缓蚀剂、镀膜水溶液清洗三遍，清洗程序同上。
3、通风管道系统的清洗
中央空调通风管道系统的清洗是清洗工作中的关键难点，因为通风管道一般在吊顶内，即使不在吊顶内因为风管都是密封连接的，也很难清洗，常采用机械清洗方法。现在常见的清洗方式是从机组的帆布软连接处将检测机器人或气动机器人放置在通风管道内，通过管道外的机器人操控箱控制通风管道内的清洗机器人，对于含尘量较多的管道系统还得用风管集尘器彻底收集管道中的垃圾，以防止造成二次污染。
4、表冷、加热、加湿器表面、冷凝水盘内表面、送回风口的清洗
表冷、加热、加湿器、送回风口的清洗不但能提高空气品质，而且还有极强的节能效果。常用的中央空调清洗方法为采用气喷式清洗剂，再用高压水或空气进行吹扫，使污浊物迅速溶解并被吹扫掉，然后再用低压水进行冲洗干净。
附着在表冷器外表面的污染物含有溶血性链球菌等致病微生物，翅片清洗后大部分流入冷凝水盘，长时间积存会造成水盘的二次污染且伴随异味。因此冷凝水盘清洗也不可忽视。冷凝水盘清洗常用的方法是在冷凝水盘上喷洒清洗剂，然后用清洁水冲洗干净。